En 1499 estalló la guerra entre el Imperio Otomano y Venecia, con el objetivo de controlar el mar Egeo y el Mediterráneo del este. Los otomanos querían conquistar los territorios venecianos en las islas del Egeo y en Grecia. La campaña tenía básicamente un carácter naval y a la cabeza estaba el almirante Kemal Reis. La flota veneciana y la otomana se encontraron fuera de Pilos, en el cabo de Corifásion (Zonchio), cerca de la pequeña isla de Esfacteria. En una serie de combates en agosto de 1499 la flota veneciana se apresuró a ocupar los territorios venecianos, empezando por Lepanto y terminando con Modona y Corone. Para 1503 la conquista de los territorios venecianos en Grecia Central y en Peloponeso se había completado, mientras que Léucade también cayó en manos de los otomanos.
El sultán Beyazid II incluyó Lepanto en el sanjak (o liwa) de Romelia, lo hizo sede del kaza y celebró su victoria con la edificación de una mezquita cerca del puerto, que se llamó “Mezquita de la Victoria” (Fethiye Camii).
Los otomanos fortificaron también las fortalezas del castillo y del puerto y construyeron edificios públicos (mezquitas, fuentes, edificios de administración etc.). La intervención otomana más importante, sin embargo, fue la edificación de los castillos gemelos de Antirio y Río en la costa del Peloponeso, que ofrecían más cobertura a Lepanto y hacían que la entrada del golfo de Corinto fuera literalmente inexpugnable. Los otomanos habían comprendido la importancia de Lepanto y lo convirtieron en centro de atraque y de reparación de su flota durante las operaciones hacia el oeste. Como consecuencia, la ciudad vivió una época de auge económico. Los numerosos e importantes monasterios en la región alrededor de Lepanto, como en Vomvokú y Ano Jora, demuestran que los cristianos ejercían libremente su culto y también disponían de los recursos necesarios para la edificación y la manutención de edificios eclesiásticos.
