El significado histórico de la batalla de Lepanto, junto a la magnitud de las flotas contendientes, no sólo inspiraron a las artes y las letras, sino que promovieron también la investigación científica. Tal como otros conflictos semejantes de la historia griega favorecieron la realización de investigaciones submarinas (como la investigación submarina en el estrecho de Salamina, que empezó en época tan temprana como 1884 bajo Ch.Tsountas), así fue también en Lepanto, en alta mar, en el lugar donde se calcula que tuvo lugar el conflicto.
Investigaciones
Las primeras investigaciones arqueológicas submarinas empezaron en 1971 bajo P.Throckmorton (que posteriormente fue miembro fundador del Instituto de Investigaciones Arqueológicas Submarinas), H.Edgerton y El.Gialouris. Fue la primera vez en Grecia que se utilizó la tecnología de los sistemas de sonar, adaptados a las necesidades de la arqueología por H. Edgerton. Las cinco expediciones que tuvieron lugar entre 1971 y 1972 tenían el objetivo de localizar naufragios, sobre todo naves del siglo XVI que habían participado en la batalla. Los resultados de las investigaciones que se realizaron a unos 50 metros de profundidad fueron inferiores a las expectativas, porque aunque se localizaron unos pocos ‘objetivos’ (indicios de naufragios), la morfología y la composición del fondo marino habían sufrido cambios importantes por el sedimento depositado del río Aqueloo que había cubierto los posibles hallazgos arqueológicos. Pasaron 30 años hasta que se organizara, en 2002, la segunda investigación arqueológica en la amplia zona entre Mesolongi y la isla de Oxeia. Para la filmación de un documental sobre la batalla de Lepanto (1571) del canal alemán Spiegel TV, una multitud de científicos y buceadores especializados realizaron una amplia investigación arqueológica. En esa investigación se usaron técnicas modernas de localización de antigüedades submarinas y la contribución de los buceadores de gran profundidad fue muy importante. Por segunda vez las investigaciones no llegaron a la altura de las expectativas. Sin embargo, a una profundidad de 10 metros fue localizado un naufragio creo que los restos de naufragios se llaman pecios de una nave de madera, de unos 30 metros de largo, pero este barco data probablemente de mediados del siglo XIX.
La dinámica de la configuración geomorfológica del fondo del golfo de Patras cerca de Lepanto, en alta mar, la cual había impedido la localización de las antigüedades, fue el objetivo de la tercera investigación, realizada en 2006 por el departamento de Geología de la Universidad de Patras, bajo la dirección de G.Papatheodorou. Esta investigación geológica rindió hallazgos interesantes en relación con los restos de la batalla. El sonar de la universidad localizó en las regiones relacionadas con la batalla un número de formaciones aisladas, de capas compactas de arena, las cuales se considera que pueden haberse formado por sedimentos depositados sobre posibles naufragios, protegiendo así los cascos de madera de los barcos.