Η ιστορική σημασία της Ναυμαχίας της Ναυπάκτου καθώς και το μέγεθος των αντιμαχόμενων στόλων δεν ενέπνευσαν μόνο τις τέχνες και τα γράμματα αλλά και την επιστημονική έρευνα. Όπως ανάλογες συγκρούσεις στη διάρκεια της Ελληνικής ιστορίας έδωσαν το έναυσμα για τη διεξαγωγή εναλίων ερευνών (βλ. την υποθαλάσσια έρευνα στα στενά της Σαλαμίνας ήδη από το 1884 υπό τον Χ. Τσούντα) έτσι έγινε και στα ανοιχτά της Ναυπάκτου, εκεί όπου υπολογιζόταν ότι διεξήχθη η σύγκρουση.
Έρευνες
Οι πρώτες ενάλιες αρχαιολογικές έρευνες διεξήχθησαν το 1971 με επικεφαλής τον P.Throckmorton (μετέπειτα ιδρυτικό μέλος του ΙΕΝΑΕ), τον H.Edgerton και τον Ελ.Γιαλούρη. Ήταν η πρώτη φορά στον Ελλαδικό χώρο που εφαρμόστηκε η τεχνολογία των ηχοβολιστικών συστημάτων (sonar) τροποποιημένων κατάλληλα για τις αρχαιολογικές ανάγκες από τον H. Edgerton. Οι πέντε αποστολές που έλαβαν χώρα μεταξύ του 1971 και 1972 είχαν στόχο τον εντοπισμό ναυαγίων, κατά κύριο λόγο πλοίων του 16ου αιώνα που συμμετείχαν στη Ναυμαχία. Τα αποτελέσματα των ερευνών που διεξήχθησαν σε βάθος περίπου 50 μέτρων αποδείχτηκαν κατώτερα των προσδοκιών. Κι αυτό γιατί ενώ εντοπίστηκαν λιγοστοί ‘στόχοι’ (ενδείξεις ναυαγίων), η μορφολογία και σύσταση του βυθού είχαν υποστεί σημαντικές μεταβολές από τις συνεχείς επιχώσεις του ποταμού Αχελώου που επικάλυψαν τυχόν σωζόμενα αρχαιολογικά ευρήματα. Πέρασαν 30 χρόνια πριν διοργανωθεί, το 2002, η δεύτερη αρχαιολογική έρευνα στην ευρύτερη περιοχή μεταξύ του Μεσολογγίου και της νήσου Οξιάς. Για τις ανάγκες ντοκυμαντέρ αφιερωμένου στη Ναυμαχία της Ναυπάκτου (1571) του γερμανικού καναλιού Spiegel TV, πλήθος επιστημόνων και εξειδικευμένων δυτών προχώρησαν σε μια εκτεταμένη αρχαιολογική έρευνα. Στην έρευνα αυτή εφαρμόστηκαν σύγχρονες τεχνολογίες εντοπισμού υποθαλάσσιων αρχαιοτήτων ενώ σημαντική ήταν η προσφορά των δυτών μεγάλων βαθών. Οι έρευνες για μια ακόμα φορά δεν ανταποκρίθηκαν στις προσδοκίες. Ωστόσο, σε βάθος περίπου 10 μέτρων εντοπίστηκε ναυάγιο ξύλινου σκάφους, μήκους περίπου 30 μέτρων που όμως τοποθετείται πιθανόν στα μισά του 19ου αιώνα.
Το δυναμικό γεωμορφολογικό πλαίσιο του βυθού του Πατραϊκού κόλπου ανοιχτά της Ναυπάκτου που αποτέλεσε και εμπόδιο στον εντοπισμό αρχαιοτήτων, ήταν το αντικείμενο της τρίτης έρευνας που διεξήχθη το 2006 από το τμήμα Γεωλογίας του Πανεπιστημίου Πατρών υπό τη διεύθυνση του Γ. Παπαθεοδώρου. Η γεωλογική αυτή έρευνα απέδωσε ενδιαφέροντα ευρήματα σε σχέση με τα κατάλοιπα της Ναυμαχίας. Το sonar του πανεπιστημίου εντόπισε στις περιοχές αναφορικά με τη Ναυμαχία αριθμό μεμονωμένων διαμορφώσεων από συμπαγή στρώματα άμμου, τα οποία πιθανολογείται ότι δημιουργήθηκαν από τις επιχώσεις ενδεχόμενων ναυαγίων προστατεύοντας έτσι τα ξύλινα κουφάρια των πλοίων. Αναλυτικές περιγραφές για τις αποστολές μπορεί να βρει κανείς και στο blog "Ο Άγνωστος Πατραϊκός" μη πλήθος πληροφοριών για την περιοχή διαχρονικά (βλ. Δικτυογραφία).