L'importanza storica della Battaglia di Lepanto e la grandiosità delle flotte coinvolte hanno ispirato la produzione artistica e letteraria e stimolato la ricerca scientifica. Come similmente accaduto per altre note battaglie navali della storia greca, anche nel mare di Lepanto, nel punto in cui si suppone ebbe luogo la Battaglia, sono state svolte ricerche subacquee (un altro esempio è la ricerca subacquea nello stretto di Salamina iniziata già nel 1884 ad opera dell'archeologo Christos Tsundas).
Le indagini
Le prime indagini archeologiche marittima si svolsero nel 1971 sotto la direzione di P. Throckmorton (che in seguito è diventato membro fondatore dell'IENAE, l'Istituto per le Ricerche Subacquee Archeologiche), H. Edgerton e E. Yaluris. Lì per la prima volta si applicò la tecnologia dei sistemi sonar modificati appositamente da H.Edgerton per le neccessità archeologiche. Le cinque campagne che ebbero luogo tra il 1971 e il 1972 avevano l'obbietivo di rintracciare i relitti delle navi del XVI secolo che parteciparono alla Battaglia. I risultati delle indagini svolte alla profondità di 50 mt, non furono all'altezza delle aspettative. Nello specifico, mentre si individuarono alcuni indicatori (targets) circa la probabile presenza di naufragi, la morfologia e la composizione del fondale non permisero ulteriori ricerche a causa delle continue deposizioni di sedimento del fiume Acheloo (N.d.T.: che sbocca nel golfo di Corinto) che coprivano i potenziali resti archeologici. Dopo ben 30 anni, nel 2002 si organizzò la seconda campagna archeologica nell'ampia zona compresa tra il Misolunghi e l'isola Oxia. Per le neccessità di un documentario sulla Battaglia di Lepanto prodotto dal canale tedesco Spiegel TV, un gran numero di scienziati e di subacquei esperti svolsero un'ampia ricerca archeologica. In questa ricerca venero applicate sofisticate tecnologie per l'individuazione di reperti sommersi e inoltre risultò importante il contributo di sommozzatori di alta profondità. I risultati delle ricerche furono nuovamente inferiori alle aspettative. Ad una profondità di circa 10 mt si individuò il relitto di uno scafo lungo circa 30 mt, che tuttavia si data probabilmente alla metà del XIX secolo.
L'oggetto della terza ricerca, che fu realizzata nel 2006 dal dipartimento di Geologia della Università di Patrsso e diretta da G. Papatheodorou, era incentrata sul dinamico contesto geomorfologico del fondale nel golfo di Patrasso nei pressi di Lepanto, che aveva ostacolato nelle precedenti indagini il ritrovamento di reperti antichi. Questa indagine geologica svelò interessanti dati rispetto ai resti della Battaglia. Attraverso il sonar, nelle zone relative alla Battaglia furono individuate alcune formazioni a strati sovrapposti di sabbia compatta che si suppone possano essere le deposizioni che coprirono gli scafi delle navi probabilmente conservati al di sotto. Qualche descrizioni delle missione si possono trovare nel blog "Il Golfo di Patrasso sconosciuto" con ampie informazioni sulla regione a traverso il tempio (guarda Siti Internet).