La dinastia degli Angioini
Doppo il fine della IV Crociata e la conquista di Constantinopoli della parte dei Latini (1204) Lepanto fu brevemente controllata dei Veneziani; le fonte veneziane riferiscono per la prima volta alla città como Nepanto o Lepanto. Con un trattato di 1210 la città si cede a Michele I Angelos Comnenos Dukas e si incorpora nello Despotato di Epiro fino al 1294. In questo anno Lepanto fu data como dote da Nicephoro I Comneno Dukas a Felippe I di Tarento, marito della figlia di primo, Tamara. Con questo matrimonio la città passa sotto il comando degli Angioini di Sicilia, chi aspiravano a controllare tutto l' Epiro, pero riuscivano di avere la soprintendenza solo di Etoloacarnania. Felipe ha fortificato la città ed ha coniato una moneta seguento i modeli occidentali. Apparamente ha rispettato il trattato e ha lasciato i ortodossi seguire la loro fida, anche dopo 1302 uno vescovado cattolico era inoltre fondata. La epoca turbulente dopo 1320 influenzava anche Lepanto, pero la città non ha cambiato signiore como il resto di Etoloacarnania. La guerra civile entre Androniko II e Androniko III Paleologo per il Despotato di Epiro anche la campagna militare di Valter de Vrienne contro i Catellani avevano creata una ambienza d'insicurezza e un vuoto di potere. Così gli Albanesi, aiutati da parte di monarca Serbo Stefano Dushan, sono scesi violentemente in Grecia dopo il morte di Androniko III Paleologo in 1341 e sono stati arivati a Lepanto in 1358. La loro sovranità duro fino al 1407, quando la città fu passata sulla occupazione Veneziana.Il secolo della Occupazione Veneziana
Il periodo Veneziano à Lepanto duro quasi un secolo. Durante questo secolo la città era rifortificata e ha acquisito presocché la sua forma odierna. La fortezza ed il porto anche preesistenti sono statti ricostruiti seguito una architettura Veneziana caratteristica. I fotificazioni erano mettate alla prova durante gli attachi Ottomani in 1463, 1477 e 1499. Lepanto diventu un grande centro di commercio. Pero per gli abitanti locali la presenza Veneziana non era sempre piacevole: como in tante altri luoghi i Veneziani avevano limitato la liberta religiosa degli ortodossi e avevano imposati tributi pesante. Alcuni di abitanti locali fuggivano alla campagna.
