Οθωμανοκρατία
Το 1499 ξέσπασε πόλεμος μεταξύ Οθωμανικής Αυτοκρατορίας και Βενετίας με στόχο τον έλεγχο στο Αιγαίο και την ανατολική Μεσόγειο. Οι Οθωμανοί επιδίωκαν την κατάκτηση των βενετικών κτήσεων στα νησιά του Αιγαίου και τον ελλαδικό χώρο. Η εκστρατεία είχε κυρίως ναυτικό χαρακτήρα και επικεφαλής της ήταν ο Καπουδάν Πασάς Κεμάλ Ρεϊς. Ο βενετικός και ο Οθωμανικός στόλος συναντήθηκαν έξω από την Πύλο, στο ακρωτήριο Κορυφάσιο (Zonchio στις ιταλικές πηγές), κοντά στο μικρό νησάκι της Σφακτηρίας. Σε μια σειρά από μάχες τον Αύγουστο του 1499 ο βενετικός στόλος ηττήθηκε κατά κράτος και ο οθωμανικός έσπευσε να καταλάβει τις πρώην βενετικές κτήσεις, με πρώτη τη Ναύπακτο και τελευταία τη Μεθώνη και την Κορώνη. Ως το 1503 η κατάκτηση των βενετικών εδαφών στη Στερεά Ελλάδα και την Πελοπόννησο είχε ολοκληρωθεί, ενώ στα χέρια των Οθωμανών έπεσε επίσης και η Λευκάδα. Ο Σουλτάνος Βαγιαζήτ Β' Βελής ενέταξε τη Ναύπακτο στο λιβά της Ρούμελης, την μετονόμασε σε Inebahti, την έκανε έδρα καζά και τίμησε τη νίκη του με την ανέγερση του τζαμιού δίπλα στο λιμάνι που ονομάστηκε “τζαμί της Νίκης” (Φετιχιέ τζαμί). Οι Οθωμανοί ενίσχυσαν επίσης τις οχυρώσεις του κάστρου και του λιμανιού και ανήγειραν δημόσια κτίρια (τζαμιά, κρήνες, διοικητικά κτίρια κλπ).Η σημαντικότερη οθωμανική επέμβαση ωστόσο ήταν η ανέγερση -επάνω σε προγενέστερα κτίσματα- των δίδυμων κάστρων, του Αντιρρίου και του Ρίου στην πελοποννησιακή ακτή, τα οποία παρείχαν περαιτέρω κάλυψη στη Ναύπακτο και έκαναν την είσοδο του Κορινθιακού κόλπου κυριολεκτικά απόρθητη. Έχοντας διαπιστώσει τη σημασία της Ναυπάκτου οι Οθωμανοί την κατέστησαν κέντρο ελλιμενισμού και επισκευής του στόλου τους κατά τη διάρκεια επιχειρήσεων προς δυσμάς. Συνέπεια αυτού ήταν η πόλη να βιώσει μια περίοδο οικονομικής άνθισης. Τα πολυάριθμα και σημαντικά μοναστήρια στη γύρω από τη Ναύπακτο περιοχή, όπως στη Βομβοκού και στην Άνω Χώρα, μαρτυρούν ότι οι Χριστιανοί Ορθόδοξοι κάτοικοι ασκούσαν ελεύθερα τη λατρεία τους ενώ διέθεταν και τους απαιτούμενους πόρους για την ανέγερση και συντήρηση εκκλησιαστικών κτισμάτων.