Η Ναύπακτος στην Ελληνική Επανάσταση και τη Νεώτερη Περίοδο
Η Ναύπακτος παρέμεινε ορμητήριο του Οθωμανικού στόλου -και κατά καιρούς, όπως είδαμε- πειρατών συνεργαζόμενων μαζί του- για όλη τη διάρκεια της ύστερης Οθωμανικής περιόδου. Η οργανωμένη συμμετοχή συνεπώς των Ορθόδοξων Χριστιανών κατοίκων της πόλης στην Επανάσταση του 1821 θα συντριβόταν αμέσως. Όσοι Ναυπακτιώτες θέλησαν να λάβουν μέρος έφυγαν στα γύρω ορεινά ή και ακόμη μακρύτερα. Ένα σημαντικό περιστατικό της Επανάστασης, ωστόσο, αν και λίγο γνωστό, έλαβε χώρα στις αρχές Ιουνίου 1821 με θέατρο το λιμάνι της Ναυπάκτου. Στις αρχές Απριλίου 1821 οι επαναστάτες στην Πελοπόννησο πολιόρκησαν την Πάτρα. Ο ανεφοδιασμός του φρουρίου της Πάτρας γινόταν από τη Ναύπακτο. Έτσι μια μοίρα Σπετσιωτών και Υδραίων αποφάσισε στις αρχές Μαϊου να αποκόψει δια θαλάσσης τον ανεφοδιασμό. Στο δρόμο τους συνάντησαν μια τουρκική φρεγάτα και της επιτέθηκαν. Η φρεγάτα έστειλε σήμα κινδύνου και στα λοιπά τουρκικά πλοία στον Πατραϊκό κόλπο και όλα μαζί κατευθύνθηκαν στη Ναύπακτο για να προστατευθούν. Καθώς η προσπάθεια των επαναστατών να καταλάβουν το φρούριο του Αντιρρίου είχε αποτύχει, ο μικρός επαναστατικός στολίσκος αποφάσισε να ακολουθήσει το παράδειγμα του Παπανικολή στη ναυμαχία της Ερεσού και να προσπαθήσει να πυρπολήσει τον οθωμανικό στόλο εντός του λιμανιού της Ναυπάκτου. Το δύσκολο αυτό εγχείρημα ανέλαβε εθελονικά ο μόλις 23 χρονών ναυτικός Γιώργος Ανεμογιάννης από τους Παξούς. Χωρίς προηγούμενη πείρα πυρπολικού, ο Ανεμογιάννης ηρωικά καταδίωξε τα τουρκικά πλοία και επιχείρησε να μπει στο λιμάνι της Ναυπάκτου και να κολλήσει το σκάφος του στην τουρκική φρεγάτα. Οι Τούρκοι όμως τον συνέλαβαν και ο Ανεμογιάννης βρήκε μαρτυρικό θάνατο στην πυρά στο κατάστρωμα της φρεγάτας. Για να τιμηθεί ο ηρωισμός του στο δυτικό λιμενοβραχίονα της Ναυπάκτου στέκει ορειχάλκινος αδριάντας του.
Στη συνέχεια η οθωμανική παρουσία στη Ναύπακτο υπήρξε κραταιά σε όλη τη διάρκεια της Επανάστασης και η περιοχή ήταν η τελευταία στη Στερεά Ελλάδα που απελευθερώθηκε στις 18 Απριλίου του 1829 με συνθήκη που υπέγραψε ο αδελφός του Ιωάννη Καποδίστρια, Αυγουστίνος, ο οποίος μάλιστα παρέμεινε στην περιοχή ως τοποτηρητής. Μετά την αποχώρηση των τούρκων κατοίκων της πόλης, ως νέοι έποικοι ήλθαν Σουλιώτες, των οποίων οι εστίες βρίσκονταν ακόμη υπό οθωμανικό ζυγό και οι οποίοι είχαν διακριθεί ως οπλαρχηγοί και πολεμιστές κατά τη διάρκεια του Αγώνα. Οικογένειες όπως οι Τζαβελλαίοι και οι Μποτσαραίοι βρήκαν εδώ το νέο σπίτι τους. Οι τελευταίοι, με επικεφαλής το Νότη Μπότσαρη, ήταν αυτοί που ηγήθηκαν των μαχών για την απελευθέρωση της πόλης. Τους δόθηκε ως κατοικία το κτιριακό συγκρότημα που κατά καιρούς φιλοξενούσε το διοικητή της πόλης, γνωστό έκτοτε ως Πύργος Μπότσαρη. Οι Τζαβελλαίοι πάλι, με επικεφαλής τον Κίτσο Τζαβέλλα, είχαν την αρχηγία κατά τη μάχη για την απελευθέρωση της Ναυπάκτου και παρέμειναν προύχοντες της πόλης έκτοτε. Το σπίτι τους, ένα δίπατο αρχοντικό, βρίσκεται στην περιοχή Βεζύρ Τζαμί εντός του κάστρου και σήμερα έχει ανακαινισθεί και φιλοξενεί σήμερα την 22η Εφορεία Βυζαντινών Αρχαιοτήτων.